داکینگ مولکولی روشی است که جهت ترجیحی یک مولکول را به مولکول دوم هنگامی که به یکدیگر متصل می شوند برای تشکیل یک مجموعه پایدار پیش بینی می کند .

در زمینه مدل سازی مولکولی ،جهت گیری ترجیحی به نوبه خود ممکن است برای پیش بینی قدرت ارتباط یا میل اتصال بین دو مولکول با استفاده از ، به عنوان مثال ، توابع امتیازدهی استفاده شود .

اتصال مولکولی به دلیل توانایی آن در پیش بینی اتصال اتصال لیگاند های مولکول کوچک به محل اتصال هدف مناسب ، یکی از متداول ترین روش ها در طراحی دارو است . 

غربالگری مجازی و داکینگ مولکولی معمولا اولین قدم برای یافتن ترکیبات فعال از مواد شیمیایی موجود برای یک پروژه کشف و توسعه دارو است. اگرچه بسیاری از شرکت های دارویی کتابخانه های خاص خود را دارند که ممکن است میلیون ها ترکیب داشته باشد ، نگهداری کتابخانه و انجام غربالگری با بازدهی بالا هزینه بر است. غربالگری مجازی یک روش جایگزین برای انجام غربالگری میلیون ها ترکیب در طی چند روز فراهم می کند.

اتصال مولکولی یکی از کاربردی ترین روش های غربالگری مجازی است ، به ویژه هنگامی که ساختار سه بعدی پروتئین هدف در دسترس باشد. این روش می تواند میل اتصال بین لیگاند و پروتئین و ساختار کمپلکس پروتئین-لیگاند را پیش بینی کند ، که اطلاعات مفیدی برای بهینه سازی است. در حقیقت، اتصال مولکولی بیش از سه دهه است که اعمال می شود و تعداد زیادی از داروهای جدید بر این اساس کشف و تولید شده اند. اگرچه تردیدی در ادامه نقش مهم آن وجود ندارد ، اما از نظر میزان موفقیت ، اتصال ملکولی هنوز از موفقیت کامل دور است. همین امر نیز به همین دلیل است که امروزه در بسیاری از شرکتهای دارویی غربالگری با بازده بالا همچنان به طور گسترده مورد استفاده قرار می گیرد.

به منظور استفاده بهینه از منابع محاسباتی محدود ، توابع مختلف امتیازدهی برای اتصال مولکولی ایجاد شد تا به سرعت پیش بینی کند که اتصال بین یک ترکیب شیمیایی و یک پروتئین / ماکرومولکول هدف چگونه قوی است. اگرچه توابع معمولاً با نتایج تجربی کالیبره می شوند ، اما مقادیر پیش بینی شده ، تغییر واقعی انرژی آزاد اتصال دهنده نیستند. 

عملکرد امتیاز دهی معمولاً از اصطلاحات مختلفی برای توصیف فعل و انفعالات بین مولکولی مختلف و سهم آنها در استحکام اتصال کلی تشکیل شده است. با این حال ، برخی از اصطلاحات متقابل بین مولکولی به سختی قابل پیش بینی نیستند ، مانند اثر حلال و تغییر آنتروپی.

علاوه بر این ، برخی از فعل و انفعالات بین مولکولی در مطالعه مقدماتی است ، بنابراین در توابع امتیازدهی گنجانده نشده است. به عنوان مثال ، پیوند هالوژن برای کمک به میل اتصال پروتئین-لیگاند تأیید می شود اما توسط بسیاری از توابع امتیازدهی و برخی از فعل و انفعالات خاص مانند ، تعامل گوانیدین-آرژنین ، به خوبی درمان نمی شود. به علاوه ممکن است برخی از فعل و انفعالات بین مولکولی ناشناخته وجود داشته باشد که در اتصال پروتئین-لیگاند نقش دارند.