تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نه تنها می تواند شناسایی هدف دارو و غربالگری کاندیداهای دارو را تسریع کند ، بلکه خصوصیات عوارض جانبی را نیز تسهیل کرده و مقاومت دارو را پیش بینی می کند. داده های با بهره وری بالا مانند داده های ژنومی ، اپی ژنتیک ، ژنوم ، سیسترومیک ، ترانسکریپتومیک ، پروتئومیک و پروفایل ریبوزوم ، همگی سهم قابل توجهی در کشف دارو بر اساس مکانیسم و تغییر مجدد دارو داشته اند. تجمع ساختارهای پروتئین و RNA ، و همچنین توسعه مدل سازی همسانی و شبیه سازی ساختار پروتئین ، همراه با پایگاه داده های ساختار بزرگ مولکول های کوچک و متابولیت ها ، زمینه را برای آزمایشات متصل کننده لیگاند پروتئین و لیگاند و غربالگری آموزنده تر مجازی فراهم می کند. 

کشف دارو با تشخیص بیماری با علائم کاملاً مشخص که کیفیت زندگی را کاهش می دهد شروع می شود. به طور معمول ، یک داروی مطلوب یک ماده شیمیایی است (که می تواند یک ماده شیمیایی ساده یا یک پروتئین پیچیده باشد) یا ترکیبی از مواد شیمیایی است که علائم را کاهش می دهد بدون اینکه عوارض جانبی شدید در بیمار ایجاد کند. از دیگر خواص داروی مطلوب می توان به مقرون به صرفه بودن و سودآوری شرکت های دارویی اشاره کرد.

 بیوانفورماتیک یک علم میان رشته ای است که شامل ژنومیک ، ترانس کریپتومیکس ، پروتئومیکس ، ژنتیک جمعیتی و فیلوژنتیک مولکولی است. بیوانفورماتیکان در کشف دارو از داده های مولکولی با عملکرد بالا استفاده می کنند.
اگر یک جهش مضر به عنوان جهش از دست دادن عملکرد شناخته شود ، در این صورت بیوانفورماتیک می تواند به شناسایی یک ژن پارالوگ یا یک مسیر سلولی جایگزین کمک کند که می تواند اثر جهش را جبران کند.


ژنوم های حاوی حاشیه خوب برای کشف داروی مبتنی بر هدف علیه عوامل بیماری زا ضروری هستند. رویکرد بیوانفورماتیک کلی شامل سه مرحله اساسی است.

 اولین مورد شناسایی ژن های اساسی در بیماری زا به عنوان اهداف دارویی است. یک ژنوم ، به ویژه ژنتیکی که دارای حاشیه باشد ، می تواند شناسایی چنین ژن های اساسی را تسهیل کند.

دومین مرحله در تولید داروها علیه پاتوژن بررسی این است که آیا چنین ژن های اساسی در میزبان همولوگ دارند. 

سوم ، برای به حداقل رساندن احتمال بروز مقاومت دارویی در پاتوژن ، مهم است که دارو پاتوژن خاصی را هدف قرار دهد و نه خویشاوندان فیلوژنتیک آن را که بیماری زا نیستند. به همین دلیل ، جزایر بیماری زایی که در باکتری های بیماریزا منحصر به فرد هستند اما در بستگان غیر بیماری زا نیستند ، به طور فزاینده ای به منبع ترجیحی اهداف دارویی تبدیل شده اند.