داکینگ مولکولی یکی از ابزارهای کلیدی در زیست شناسی مولکولی ساختاری و طراحی دارو است. هدف از داکینگ پروتئین-لیگاند، پیش بینی جایگاه اتصال مناسب لیگاند به پروتئینی با ساختار سه بعدی شناخته شده است. روش های موفقیت آمیز داکینگ فضاهای با ابعاد بالا را به طور موثر بررسی میکند و از تابع امتیازدهی استفاده می کند تا به درستی کاندیداهای داکینگ را امتیاز بندی کند.

داکینگ مولکولی کاربردهای وسیعی دارد، به طور مثال این روش می تواند برای غربالگری مجازی (virtual screening) كتابخانه (library) های بزرگ ترکیبات، امتیاز دهی به نتایج، و پیشنهاد فرضیه های ساختاری در مورد چگونگی اتصال لیگاند (ligand)  به مولكول هدف (target) که در بهینه سازی کاندیداهای دارویی بسيار ارزشمند است و همچنین مطالعات مکانیسم شیمیایی مورد استفاده قرار گیرد.

ارتباط بین مولکول های بیولوژیک مرتبط با هم مانند پروتئین ها ، پپتیدها ، اسیدهای نوکلئیک ، کربوهیدرات ها و لیپیدها نقشی اساسی در انتقال سیگنال دارد. علاوه بر این ، جهت گیری نسبی دو واکنش گر متقابل ممکن است بر نوع سیگنال تولید شده تأثیر بگذارد (به عنوان مثال ، آگونیسم در مقابل تضاد). بنابراین ، داکینگ برای پیش بینی قدرت و نوع سیگنال تولید شده مفید است.

حوزه ی داکینگ مولکولی در دهه های اخیر به واسطه ی نیاز به زیست شناسی مولکولی ساختاری و طراحی دارو (Drug Design) برپایه ی ساختار شکل گرفت. داکینگ به واسطه ی پیشرفت و رشد سریع کاربرد و توان کامپیوترها و نیز دسترسی به پایگاه های داده ی پروتئینی و همچنین مولکول های کوچک بسیار آسان شده است. هدف نرم افزار داکینگ مولکولی تشخیص ساختار (molecular recognition) و پیدا کردن جایگاه های اتصال مشابه و پیش بینی شدت اتصال با توجه به انرژی است.

داکینگ مولکولی معمولاً بین یک مولکول کوچک و یک ماکرومولکول هدف صورت می گیرد که در بسیاری از موارد این هدف پروتئین است و این روش تحت عنوان داکینگ پروتئین-لیگاند نامیده می شود. البته توجه به داکینگ پروتئین-پروتئین در حال افزایش است. ماکرومولکول هدف می تواند پروتئین، DNA، و يا RNA باشد.

با توجه به این که ابزار و روش های متفاوتی برای داکینگ مولکولی وجود دارد، و همچنین در نظر گرفتن این نکته که برخی از این روش ها نتایج بهتری برای بعضی دسته بندی مولکول های هدف ارائه می دهند باید در انتخاب روش مناسب داکینگ دقت کرد. به بیان دیگر بایستی روش های متفاوت را به کار گرفت و در نهایت روشی که بهترین نتیجه را برای مولکول هدف مورد نظر ارائه می دهد را انتخاب نمود. یکی از معیارهای کمک کننده به انتخاب روش مناسب، اندازه گیری RMSD (Root Mean Square Deviation) اتم های لیگاند موجود در ساختار کریستالوگرافی و داک شده است.